1964年朱同德從蘇聯(lián)留學回國后就在中央音樂學院當了助教，開始了他的教學生涯。相比于其他同齡人，他趕上了好的機遇，成了一名海歸音樂家，但同時也趕上了文化大革命。文化大革命對于從事專業(yè)研究的人是最大的損失，將最年輕最美好的黃金時間徹底浪費了。朱同德在文化大革命開始后就被派往大興搞“四清”運動，將他的黃金歲月?lián)]霍在了文革的運動當中。好在在文化大革命后期，他又一次得到了機遇的眷顧：一天，學校的工宣隊通知他：“趕快拿著樂器去電影廠?！碑敃r看那著情形似乎一分鐘也等不了，他慌忙趕到了電影廠，錄音棚里坐了一個大樂隊，原來是中央交響樂團需要招人排樣板戲。當時的中央交響樂團有兩個長笛隊，但是仍不夠用，等朱同德到了電影廠時，所有的人都坐滿了，就缺長笛。于是，他被安排到了長笛席位，卻發(fā)現(xiàn)自己一點都不會吹長笛，眼睛看著譜子，就是不會吹。朱同德的心理感覺到了一陣恐慌，好幾年了，長笛幾乎沒有碰過，文化大革命中根本沒有機會從事專業(yè)工作。但是朱同德又是堅韌的，他跟著樂團一同排練，過了幾個禮拜才慢慢進入狀態(tài)，曾經(jīng)的感覺又逐漸回到了他的身上。隨后，他又跟隨樂團一起開始拍電影《智取威虎山》，排練加上拍電影，一年多后，朱同德再次成了長笛中的佼佼者，徹底恢復到了文革之前的狀態(tài)。
       這時，上海音樂學院的一些優(yōu)秀的畢業(yè)生組織成一支樂隊到北京來接替中央樂團這個樂隊的工作，中央樂團的樂隊專門拍電影樣板戲。拍完電影后，朱同德因為優(yōu)異的表現(xiàn)，便讓上海音樂學院的老師、后來的文化部部長于回勇（于會泳）看中。當時于回勇（于會泳）非?？粗亓魧W回來的朱同德，非要借調(diào)到上海，當時提出要朱同德一起去上海。朱同德心里非常矛盾，他實際還是希望在北京發(fā)展，畢竟北京市他熟悉的城市，有他的親人與朋友。于是他推薦他的一個學生去，但是上海方仍是執(zhí)意要借調(diào)朱同德。無奈，朱同德便被借調(diào)到了上海去匯報演出后，演出結(jié)束后，朱同德便被直接留在了上海樣板戲團，成了重點培養(yǎng)對象，如此一呆便是七年。這七年對于朱同德來說，雖然學到了很多知識，但在生活上也造成了很大的困擾。他的愛人、孩子與朋友都在北京，他開始了漫長的兩地分居時光。不過，朱同德心里很清楚，國家耗費了財力物力培養(yǎng)了自己，自己就應該服從組織的分配，既然上海需要自己，自己就應該踏踏實實地在工作崗位上努力工作。這七年，成了朱同德人生中的借調(diào)傳奇。
       知道音樂學院復課之后，中央音樂學院想讓朱同德回來執(zhí)教，因為復課之初學校非常缺少教學人才，但是上海音樂學院還是舍不得放朱同德這個人才離開，于是朱同德就成了長笛界的香餑餑，被兩個高等音樂學府爭來搶去，若干次協(xié)商都沒有達成結(jié)果。最后，中央音樂學院的趙沨院長就在與上海交涉時提出：“能不能把朱同德再倒借回來?！钡牵虾Ｒ魳穼W院還是不想讓人才流失，因為那個年代的留學生極少，非常稀缺，因此蘇聯(lián)留學回來的朱同德就變得異常搶手。此事到了這個地步，文化部不得不出面干涉，一份紅頭文件將朱同德調(diào)回文化部重新分配給中央音樂學院，這樣朱同德才回到北京。